Peamiste töönduslike kalaliikide majandamisel lähtutakse kalavarude olukorrast, kuid mõne liigi puhul hinnatakse senist varude kasutamist ebaratsionaalseks.
Ahvenavaru ja Pärnu lahe kohavaru kasutatakse ebaratsionaalselt
Tähtsamateks töönduslikeks kalaliikideks Läänemeres on kilu ja räim, millele järgnevad tähtsuselt tursk, ahven, lest, koha, meritint, tuulehaug ja haug, seisab äsja avaldatud väljaandes Eesti keskkonnanäitajad 2012.
2011. aastal püüdsid Eesti kalurid 34 976 tonni kilu ja 25 325 tonni räime. Viimase üheksa aasta jooksul on kilu püütud keskmiselt 44 tuhat ja räime 27 tuhat tonni aastas.
Tursa saagi järsk tõus 2011. aastal tuleneb varu olukorra paranemisest Läänemere lõunaosas ja sellega kaasnenud väljapüügilimiitide suurenemisest traallaevastikule. Ka Eesti vetes on tursa saagikus viimastel aastatel suurenenud, ent arvukus on siiski veel sellisel tasemel, et ei võimalda rääkida tööndusliku varu olemasolust.
Ahvena saak on olnud viimastel aastatel suhteliselt stabiilne, kuigi teadlaste hinnangul ei majandata ahvenavaru kõige ratsionaalsemalt. Lesta arvukus sõltub peamiselt soolase vee sissevoolust Läänemerre ning saagi tõusu võib loota paar aastat pärast keskmisest suuremat soolase vee sissevoolu Läänemerre.
Koha saak oli 2011. aastal viimase üheksa aasta keskmisel tasemel. Sarnaselt ahvenavaruga hindavad teadlased Pärnu lahe kohavaru kasutamist ebaratsionaalseks ja suurt osa mängib siinjuures alamõõdulise kala kaaspüük.
Meritindi saagi järsu languse põhjuseks kahel viimasel aastal on olnud ülepüük ja ebasobivad kudemistingimused. Tuulehaug tuleb Atlandi ookeanist meie rannikumerre kudema, kus teda püütakse suhteliselt lühikese perioodi vältel ning seega ei ole võimalik saagi kõikumise põhjuseid täpsemalt analüüsida.
Eesti rannikumere haugisaak on viimasel kahel aastal tõusnud ja ületamas pärast kuut aastat viimase üheksa aasta keskmist saaki.
Tursa saagikus on suurenenud. Kilu ja räime väljapüüki on viimastel aastatel kärbitud, et tagada kalavarude stabiilne seisund. Nii ahvena kui ka Pärnu lahe kohavaru majandamist hinnatakse ebaratsionaalseks. Meritindi saaki on vähendanud ülepüük ja ebasobivad kudemistingimused.
Enamiku kalavarude seisund Eesti rannikumeres on hea või stabiilne. Peamiste töönduskalade kilu ja Liivi lahe räime varu on olnud viimase kolme aasta jooksul heas ja Läänemere avaosa räime varu madalseisus. Kõigi kolme varu kasutamine on seejuures olnud kõrgel tasemel.
Viimastel aastatel on lubatud väljapüügimahtusid oluliselt kärbitud ja seetõttu võib lähiaastatel oodata varu stabiliseerumist ning saakide mõningast suurenemist.
Turska majandatakse Euroopa Liidu majandamiskava alusel ning sellest tulenevalt hoitakse teadlaste määratud kalastussuremuse taset kindlates piirides ja varu kasutatakse mõõdukalt.
Ahvena, lesta, koha, tuulehaugi ja haugi olukord Eesti rannikumeres on olnud viimased kolm aastat stabiilne.
Tuulehaugi varu hinnatakse peamiselt aastaste saaginäitajate võrdluse põhjal – tuulehaug tuleb Eesti rannikumerre ainult kudema, seega on varusid täpselt raske hinnata. Meritindi varu languse põhjuseks on viimasel aastal olnud kudekarja vähenemine ja ebasobivad kudemistingimused.